La basilique San Francesco est une basilique mineure franciscaine du quartier nord-ouest de Bologne, près des fortifications dei Torresotti (actuelle Porta Nova) et qui date du XIII siècle. Sa façade donne sur la piazza de Marchi.
Sa construction effectuée entre 1236 et 1263 a été initiée par Marco da Brescia. Entretemps, en 1251, le pape Innocent IV consacra le maître-autel,
Tout en ayant une façade romane du xiiie siècle ainsi que son portail et ses bas-reliefs, elle emprunte les formes du style gothique français (dans un ensemble qualifié de romano-padouan), avec un intérieur à trois nefs à piliers octogonaux en latérite, un déambulatoire absidal à neuf chapelles rayonnantes, à voûtes sexpartites (c'est-à-dire divisée en six voiles, comme celle de la cathédrale Notre-Dame de Paris) avec des arcs en croisée d'ogive renforcées par des arcs-boutants.
Un premier campanile datant de 1260 a été abattu au xviiie siècle, le second date de 1402 sur les plans de Antonio di Vicenzo.
En 1796, saccagée par les troupes françaises, elle est réduite en caserne, son église déconsacrée, le couvent supprimé et les œuvres d'art spoliées.
Après le Traité de Tolentino, Bologne est réunie à la République cispadane ; les sécularisations commencent, la plupart des églises et les couvents sont fermés. L'église de Saint-François subit le même sort. Le corps d'Alexandre V arraché de sa tombe, est enterré sous un portique de la Chartreuse de Bologne.
L'église, jusqu'alors simplement fermée, est transformée en magasin de subsistances militaires.
Après la restauration de Pie VII en 1814, l'église est rendue au culte et le couvent aux Cordeliers.
Le gouvernement italien s'en empare en 1860 pour en faire de nouveau un magasin militaire.
La charité catholique peut racheter au fisc en 1889, l'église et une partie du couvent. Le pape donne alors l'ordre de restaurer l'église, de relever le beau maître-autel, datant de 1388, et de réédifier le monument de son prédécesseur Alexandre V. Le 10 octobre, Mgr Zooooli, évêque de Sébaste, vicaire capitulaire durant la vacance du siège de Bologne, et les Pères cordeliers, procèdent, à la déposition de la dépouille mortelle de ce Pape, exhumé de la Chartreuse sous le monument du Sperandio relevé et restauré aux frais du Souverain Pontife Léon XIII1.
Dédiée à nouveau au culte en 1886, elle fut restaurée dans sa forme primitive par Alfonso Rubbiani (1886-1919) ainsi que le cloître des morts démoli en 1673, sur ses vestiges archéologiques.