Lors des débats de la Convention, Bresson s'oppose vigoureusement à la condamnation à mort de Louis XVI (janvier 1793).
Condamné à mort et proscrit durant la Terreur, il survit réfugié dans une forêt des Vosges. Sous le directoire il cache et sauve le comte de Vaublanc, activiste royaliste, puis, à la Restauration, Lavalette, ministre napoléonien.
Choisi par Talleyrand, Bresson est chef de la division des fonds du ministère des Affaires étrangères de 1800 à sa retraite en 1825.
Jean-Baptiste de Bresson a renoncé à porter la particule de son nom dès 1792 et ne l'a pas reprise après la Révolution, y compris sous la Restauration.