Les huguenots de Vezelay le surprirent chez lui, avec Claude Billot, son curé, et se préparaient à lui faire subir le sort des autres catholiques, massacrés à Vezelay, lorsque la femme du commandant de la troupe obtint sa grâce. On exigea de lui une rançon de 3.000 livres, dont on lui promettait de l'exempter, s'il voulait arquebuser Claude Billot. Jean du Gaigneau, non seulement repoussa la proposition avec horreur, mais offrit une seconde rançon pour son curé. Elle fut refusée. Claude Billot fut assis dans une fosse, couvert de terre jusqu'à la tête, qui servait de but aux huguenots jouant à la boule, et expira dans cet état, après les plus affreuses tortures. Jean du Gaigneau, malgré la rançon qu'il paya, fut exposé à tant de mauvais traitements, qu'il mourut à Avallon, à l'âge de trente trois ans.