Le couvent des Cordeliers avait été fondé au XIVème siècle par Girard de Machecoul, approuvé par le Pape Jean XXII en 1332. Les Cordeliers est l’autre nom donné aux Franciscains établis en France qui portaient pour ceinture une corde à trois noeuds. Ces «cordes liées» leur servaient de rosaire. Le couvent abritait une petite dizaine de moines qui avaient pour mission de soigner les personnes malades et handicapées, si bien que le couvent servit d’hôpital et d’asile pour les malades et les infirmes.
En tant que fondateurs du couvent, les sires de Retz y avaient droit de séjour. Gilles DE RAIS y aurait d’ailleurs passé une nuit et y aurait martyrisé un jeune homme de 15 ans.
Le couvent a été vendu par Gilles DE RAIS au Duc de Bretagne, Jean V et racheté par Albert DE GONDY en 1581.
Les Cordeliers furent présents à Bourgneuf jusqu’en 1790, année de fermeture des 284 couvents des Cordeliers présents en France. Un certain Louis GOUY aurait alors racheté le bâtiment avant que la commune de Bourgneuf n’en fasse l’acquisition. Le bâtiment devint une école maternelle pour garçons en 1851. Depuis 1966, il abrite le Musée du Pays de Retz.
Au cours de l’hiver 2017, des bénévoles de l’association des Amis du Pays de Retz ont mené d’importantes rénovations intérieures et extérieures visant à rendre le musée plus agréable pour les visiteurs.