Devenu marin, et trop jeune (24 ans) pour être capitaine, il naviguait sur le navire de l'oncle de sa femme, Jean-Péritz de Haraneder. Le 7 octobre 1702, neuf mois après son mariage, Adam d'Ascoube périt avec tout l'équipage de ce navire, en revenant de Bilbao et en rentrant à Ciboure. Une affreuse tempête poussa le navire contre les rochers Aranco, si aigus et si traitres qui bordent l'entrée de la Nivelle, et le détruisit. Il se perdit corps et biens, sous les yeux des parents et amis impuissants à porter secours au malheureux équipage.
Son fils Dominique d'Azcoube était né 5 jours avant cette catastrophe.
Le lieutenant de vaisseau était son cousin Michel de Haraneder-Putil, qui périt aussi dans le naufrage.